Por encargo del presidente Tomás Cipriano de Mosquera, el ministro plenipotenciario de Colombia en Venezuela Manuel Ancízar contrató el 27 de agosto de 1846 al arquitecto danés Thomas Reed, quien por entonces se encontraba en Caracas. El propósito de su contrato era la construcción de un edificio público destinado a Palacio de Gobierno, en el cual se deseaban albergar las dos Cámaras del Congreso, la Corte Suprema, el Tribunal del Distrito de Cundinamarca, la Registraduría y la Presidencia de la República. Pocas semanas más tarde, Reed se instaló en Bogotá e inició el diseño de la construcción. En sus planos le otorgó a la edificación el nombre de Capitolio Nacional y su proyecto fue aprobado por el Congreso. Para la ejecución de la obra se publicó la convocatoria de una licitación pública en la Gaceta Oficial del 17 de junio de 1847, la cual se le adjudicó al empresario Juan Manuel Arrubla. Las obras de construcción duraron 78 años y diversos arquitectos estuvieron a su cargo. Su autor, Thomas Reed, dirigió la construcción hasta 1851, cuando se suspendió por la guerra civil.

Entre 1924 y 1925 finaliza las obras el arquitecto Alberto Manrique Martín, quien terminó la construcción del Salón Elíptico y de las cubiertas, bajo la presidencia de Pedro Nel Ospina.​ El palacio se inauguró oficialmente el 7 de agosto de 1926, para la posesión presidencial de Miguel Abadía Méndez y el inicio del periodo legislativo.

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